L'action se déroule au XVIIIè siècle sur l'île Déjima au Japon. Cette île a été choisie par le gouvernement pour devenir un haut lieu du commerce en Asie mais les fanatiques religieux ont d'autres projets. Des samouraïs ont été envoyés mais ils ne sont pas revenus...
Prenez le contrôle d'un des deux espions (un samouraï expert en sabres et une femme Ninja experte en armes à feu) envoyés par le gouvernement et percez les secrets de l'île Dejima.