A la fin de l'aventure de Wind Waker, Link, Tetra et les pirates de Tetra partaient à la recherche de nouvelles contrées. Plusieurs mois plus tard, leur navire se retrouve dans une partie de l'océan entourée d'un épais brouillard et tous y découvrent un mystérieux vaisseau fantôme. Tetra est alors en danger lorsqu'elle décide d'explorer seule cet étrange bateau et Link tombe dans l'océan lorsqu'il tente de la sauver. Plus tard il reprend connaissance, réveillé par la douce voix d'une fée. A l'aide de cette fée et de nouveaux compagnons, Link s'embarque pour une nouvelle aventure et décide d'explorer les eaux inconnues qui l'entourent.