L'action se déroule en plein cœur de New York, une ville infestée par d'étranges créatures et envahie par des ombres menaçantes. Les Tortues devront redevenir des héros et une famille car Raphael, Donatello et Michelango ont perdu leur foyer et luttent pour maintenir leur unité et la discipline Ninja.
Le destin de la ville et de la famille des Tortues dépendent désormais de Leonardo et de Maitre Splinter : les Tortues doivent à nouveau s'unir pour redevenir de redoutables Ninjas et sauver ainsi New York d'une menace qui rode à tous les coins de rues.