La destruction de Halo a ralenti la marche des Covenants, mais ne les a pas arrêtés. Entraînés par leur foi, leur fureur et leur désir de revanche, ils ont balayé toutes nos défenses et s'attaquent désormais à notre bien le plus précieux : la Terre. Écrasées et dispersées, nos armées ne peuvent plus rien. Le sort de la planète repose sur les épaules d'un seul homme : Spartan 117, le MasterChief.